Pēc Latvijas Republikas valstiskās neatkarības atjaunošanas ievērojami izmainījās lauksaimniecības vadības uzdevumi un funkcijas. Sociālisma sistēmā Lauksaimniecības ministrijas (vēlāk Agrorūpnieciskās komitejas tiešā PSRS Agrorūpnieciskās komitejas pakļautībā) uzdevums bija izstrādāt un īstenot valsts saimnieciskās pārvaldes vadības ražošanas plānus, sadalīt finanses, materiāli tehniskos resursus un kontrolēt izpildi. Aprēķināt, apstiprināt mazumtirdzniecības, vairumtirdzniecības cenas lauksaimniecības un pārtikas produktiem. Nodrošināt Lauksaimniecības un pārtikas produktu piegādi plānotajos apjomos PSRS centralizētajiem fondiem. Lauksaimniecības vadība bija administratīva pa vertikāli.
Krasas izmaiņas lauksaimniecībā notika pēc Latvijas neatkarības atgūšanas. 1990. gada 31. jūlijā ar toreizējās Latvijas Republikas Ministru Padomes lēmumu tika izveidota Latvijas Republikas Lauksaimniecības ministrija, kurai tika deleģēts uzdevums izstrādāt un ieviest atjaunotās valsts lauksaimniecības normatīvo bāzi un īstenot pārvaldi. Ministrijas kompetencē bija atbildība par atjaunotās valsts agrārās politikas izstrādāšanu un īstenošanu Latvijā neatkarīgi no ražošanas līdzekļu īpašuma veida, kā arī atbildība par visu lauksaimniecības un pārtikas rūpniecības nozaru attīstību. Lauksaimniecības ministrijas uzdevums bija koordinēt nozares darbību tā, lai veiksmīgi varētu realizēt vienotu valsts politiku lauksaimniecībā un dabas resursu izmantošanā. Viens no būtiskākajiem uzdevumiem bija pārveidot lauksaimniecības un pārtikas rūpniecības nozari uz privatizētu zemnieku saimniecību, pārtikas rūpniecības uzņēmumu bāzētu tirgus ekonomiku. Šajā laikā tika likti pamati jaunai, brīvai Latvijas lauksaimniecībai un bija izstrādāti agrārās reformas, zemes reformas likumi, atjaunota kadastru sistēma, notika cenu brīvlaišana jeb pāreja uz tirgus cenām. Izveidots valsts zemes dienests, veterinārais dienests, lauksaimniecības konsultatīvā sistēma nozarē, nodibināta Lauksaimniecības un Meža zinātņu akadēmija, Valsts Hipotēku un zemes banka. Veterinārais dienests kā pirmais no Latvijas tika uzņemts Eiropas Savienības asociētajās struktūrās.
Jaunizveidoto Lauksaimniecības ministriju no 1990. gada līdz 1993. gada augustam vadīja Dainis Ģēģers. Savukārt 1991.gada janvārī D.Ģēģers organizēja , vadīja smago lauksaimniecības un transporta tehniku barikādēm, kā arī organizēja barikāžu būvniecību Zaķusalā pie Latvijas Televīzijas , televīzijas torņa, Augstākās padomes u.c. Ministrijas augstceltnes 16.stāvā bija izvietots Barikāžu koordinācijas centrs, kur barikāžu laikā visu diennakti strādāja Lauksaimniecības ministrijas darbinieki. Tagad Piemiņas plāksne Zemkopības ministrijas augstceltnes vestibilā ir kā atmiņa , ieguldījums tai cīņai, lai mēs atgūtu Latvijas valsts neatkarību.
Savukārt 1993. gada 1. augustā ar valdības lēmumu Lauksaimniecības ministrija tika pārdēvēta par Zemkopības ministriju. Apstiprinot Zemkopības ministrijas nolikumu, tika izvirzīti arī jauni uzdevumi un jaunas funkcijas, apstiprināta jauna ministrijas pārvaldes struktūra. No jauna tika noteiktas sekojošas funkcijas: turpināt koordinēt privatizācijas procesu, izstrādāt likumprojektus un citu normatīvo aktu projektus un veicināt tirdzniecību ar ārvalstu uzņēmējiem.
Lai gan šis bija pārejas laiks, kad liela daļa zemes un ēku nonāca privātīpašumā, tajā skaitā lauksaimnieku un lauku iedzīvotāju īpašumā, daļēji tika saglabātas arī iepriekšējās Lauksaimniecības ministrijas funkcijas. Piemēram, pārzināt augkopības un lopkopības produkcijas resursus, prognozēt to nodrošinājumu. Ministrijas struktūrā saglabājās augkopības, lopkopības un mehanizācijas nodaļas.
Nākošā lielākā lauksaimniecības nozares pārvaldes reorganizācija notika 1997. gada februārī, kad tika apstiprināta jauna Zemkopības ministrijas struktūra. Jaunās struktūras uzdevums bija tuvināt Zemkopības ministrijas funkcijas nozarēm, lai veicinātu lauksaimnieciskās ražošanas attīstību. Tika izveidoti Lauksaimniecības stratēģijas un kooperācijas departaments, Produkcijas kvalitātes vadības departaments, Tirgus politikas departaments un Valsts īpašuma uzskaites un saglabāšanas departaments. Šo departamentu nosaukumi liecina par ministrijai papildus deleģētajām funkcijām, kas atbilst tirgus ekonomikas prasībām.
Ievērojama reorganizācija Zemkopības ministrijā notika arī 2000. gada sākumā, kad izveidoja Lauku atbalsta dienestu (LAD) un darbu sāka LAD Reģionālās lauksaimniecības pārvaldes. Svarīgi notikumi ministrijas vēsturē risinājās arī no 2002. gada līdz 2004. gadam, kad Latvija iestājās Eiropas Savienībā. Kopš 2004. gada Latvijas lauksaimniecība politika tiek īstenotā saskaņā ar ES Kopējo lauksaimniecības politiku, pa šiem gadiem mūsu valsts lauksaimniecība ir kļuvusi par līdzvērtīgu un konkurētspējīgu dalībnieci ES un arī pasaules tirgū.
Pašlaik Zemkopības ministrija ir atbildīga par Latvijas lauksaimniecību, meža nozari, zivsaimniecību un arī lauku attīstību. Ministrijā ir šādi departamenti: Lauksaimniecības departaments, Meža departaments, Zivsaimniecības departaments, Veterinārais un pārtikas departaments, Starptautisko lietu un stratēģijas analīzes departaments, Juridiskais departaments, Budžeta un finanšu departaments, Lauku attīstības atbalsta departaments, Tirgus un tiešā atbalsta departaments, Audita departaments, Administratīvais departaments.